Az átlényegülés fogalmát már a 12. századi teológusok használták. Tanítóhivatali megnyilatkozásban először a IV. Lateráni Zsinaton jelenik meg (1215). A Trentói Zsinat a reformátorokkal szemben mondta ki a transzszubsztanciáció dogmáját, vagyis azt, hogy a kenyér és bor lényege Krisztus Testének és Vérének lényegévé változik (DH 1642, vö. még a 2. kánon: 1651). Az Oltáriszentségről szóló 2. kánon (DH 1652) azt is megjegyzi, hogy a látható, „külső színek” (species) változatlanul megmaradnak.

A magyarázatban az arisztotelészi metafizika és logika két sajátos fogalmának, a szubsztanciának és az akcidens-nek alkalmazásáról van szó. A substantia az, ami a dolgot azzá teszi, ami: olyan létezőt jelöl, amelyet magánvaló (ens in se), illetve önmaga általi lét illet meg (embernek lenni). A járulék olyan létezőt jelöl, amelynek sajátja a másban való (ens in alio), a máshoz tartozó lét, legtöbbször létezőnek valamely tulajdonsága (pl. műveltség). Az akcidensek a valóság empirikusan érzékelhető dimenzióját jelölik, a szubsztancia a szellemi értelem által szemlélt metafizikai lényeget. Az átlényegülés azt jelenti, hogy a lényeg megváltozik, az akcidensek azonban nem. Figyelemre méltó, hogy a dogma nem az akcidens kifejezést használja, hanem speciesről beszél, de ez tartalmilag ugyanazt akarja jelenteni, mint az akcidens fogalma.

Az Egyház tanítása mindig hangsúlyozta, hogy a szentmisében valóságos átváltozás történik. Valami új jelenik meg, ami azelőtt nem volt. Ezért nem lehet úgy érteni az Eucharisztiát, hogy Krisztus teste még hozzájárul a kenyérhez (vö. lutheri elgondolás), mintha a kenyér és Krisztus teste két egyforma jellegű valóság lenne, két „lényeg” módjára ugyanúgy egymás mellett állhatna. A szentmisében valami átváltozás történik, ami világunk dolgait magasabb rendbe veszi föl, lényegükben éri és változtatja meg, ha ez nem is mérhető. Amikor anyagi dolgokat táplálékul veszünk föl testünkbe, illetve amikor általában az anyag egy élő szervezet részévé válik, akkor megmarad ugyanannak, és mégis - mint valami újnak a része - maga is átalakul. Hasonló megy végbe a kenyér és bor átváltoztatásakor. Isten igéje és a Szentlélek a kenyeret és a bort, mintegy kiemeli sarkaiból megszokott létüket, bele egy új rendbe; még ha pusztán fizikailag ugyanazok is maradnak, mélyükben megváltoznak. Az átlényegülés tana nem bizonyítja racionálisan a valóságos jelenlétet. Csak annyit tisztáz, hogy nem ellentmondás az, amit az Egyház a Szentírás alapján az átlényegülésről tanít.

A dogmát értelmező teológusok mindig fontosnak tartották megjegyezni: Nem maga a transzszubsztanciáció szó hittétel, hanem az, amit jelez. A Trentói Zsinat nem azt mondta ki hittételként, hogy Jézus eucharisztikus jelenlétét az arisztotelészi substan-tia-accidens fogalompár alapján kell hinnünk. Egyszerűen csak arról van szó, hogy abban az időben - a reformátorok (főként Luther) tanításával szemben - a transzszubsztancióval jelzett folyamatot találta legalkalmasabbnak (aptissime) annak érzékeltetésére, hogy hogyan válik jelenvalóvá Jézus az Eucharisztiában. A zsinat nem filozófiai tételt hirdetett ki. Csak annyit mondott: a konszekráció erejében az, ami a kenyeret kenyérré, a bort borrá tette, az átváltozik azzá, ami Jézus testét Jézus testévé, Jézus vérét Jézus vérévé teszi.