Kálvin (†1564) tagadta a szentmise áldozat jellegét és az Eucharisztiában a valóságos, szomatikus-szubsztanciális jelenlétet. Azt hirdette, hogy a katolikus szentmise és a protestáns értelemben vett úrvacsora lényegesen különböznek, sőt kiengesztelhetetlen ellentmondásban állnak, mivel a pápai mise engesztelő áldozat (Instüutio, IV,18,l-20). Tévesen úgy gondolta, hogy ennek az a célja, hogy Isten haragját lecsillapítsa, az ő igazságának eleget tegyen, és ezáltal a bűnöket elmossa és eltörölje” (uo., IV,18,13). Áldozatnak csak azért lehet mondani, mert az Krisztus áldozatának „emlékezete, képe és bizonysága” (uo., IV,18,10). Kálvin azt még elfogadja, hogy az Úrvacsora „hálaáldozat” (sacrificiuni laudis): „Az úrvacsora Isten adománya, amelyet hálaadással kellene befogadni. Az áldozat a misében ezzel szemben állítólag árat fizet Istennek, amit ő aztán elégtételként fogad el” (uo., IV,18,7). Ezen félreértés miatt olvashatjuk a Heidelbergi Kátéban, a reformátusok egyik legfontosabb hitvallási iratában, hogy a „mise nem más, mint megtagadása Jézus Krisztus egyetlenegy áldozatának és szenvedésének, és kárhozatos bálványimádás” (válasz a 80. kérdésre).

A reformátorok, így Kálvin is elsősorban az Eucharisztia lakoma-jellegét hangsúlyozták: szerintük az Eucharisztia egyedül és kizárólag szent lakoma, az Úr vacsorája. Kálvin szerint Krisztus „asztalt adott nekünk, amelyről együnk, nem pedig oltárt, hogy azon áldozatot mutassunk be” (uo., IV,18,12). Zwingli és Kálvin a két szín alatti áldozás gyakorlatában és a szentmise áldozat jelleg tagadásának kérdésében egyetértettek Luther tanaival, de a valóságos jelenlétet illetően nem fogadták el Luther tanítását. Ez vezetett az Úrvacsora-vitához és a reformáció három ágának végleges elválásához.

Azt mondhatjuk, hogy Kálvin tanítása középúton halad Luther és Zwingli között. Nem vallja a valóságos testi jelenlétet még lutheri értelemben sem. Magyarázata Zwingli felfogásához áll közelebb. Csak a megdicsőült Krisztus virtuális jelenlétét tudja elfogadni. Kálvin szerint a hívek csak lelkileg egyesülnek Jézussal az úrvacsorában (lelki jelenlét). Szerinte a kenyér és a bor nem változik Krisztus testévé és vérévé, hanem csak arról van szó, hogy miközben magunkhoz vesszük a kenyeret és bort, lelkünk a Szentlélek által, „felemeltetik a mennybe” és a hit által a megdicsőült Krisztussal egyesülünk bűneink bocsánatára és az örök életre (spirituális értelmezés). Krisztus nem száll le a mennyből, hanem a Szentlélek által minket emel fel magához.

Ő „szünteti meg” a távolságot a menny és a föld között. Az Eucharisztia létrehozza a közösséget Krisztus mennyben lévő testével, de lehetetlen, hogy ez a test jelen legyen a földön. Így érthető, hogy a református liturgikus könyv az úrvacsorázást a „szent jegyek kiosztásának” nevezi.